phpmyadmin4.6警告：当前表单包含的字段多余1000，受限于PHP中 max_input_vars值的配置

今天给一客户导出数据库显示：

警告：当前表单包含的字段多余1000，受限于PHP中 max_input_vars值的配置解决方法
phpmyadmin版本4.6
php.ini中max_input_vars默认是1000，修改成5000
修改后重启php

service php-fpm stop

service php-fpm start

无效，还是1000没变，重启服务器也无效。。
找到解决方法，phpmyadmin换成4.4版本正常，不修改也行。